薄荷根的功能在于从土壤中吸收水分和养分。生产上栽培的薄荷，具有真正吸收作用的是着生在地上部直立茎入土部分和地下根茎节上的数量众多的须根，这些根系入土深度一尺左右，而以表土层五寸左右最为集中；另外、在株间湿度较大的情况下，在地上部直立茎的基部节上和节间也会长出忤多气生根，这种气生根在天气干煉的情况下，会自行枯死，故对薄荷的生长发育几乎不起作用。
薄荷的茎可分为两种：
1.地上茎又可分为两种，一种叫直立茎，方形，颜色因品种而异，有青色与紫色之分。它的主要作用是着生叶片，产生分枝，并把根和叶联系起来，是根系从土壤中吸收的水分和养分输送到叶片，同时把叶片的光合作用产物运至根部的输导通道，其上有节和节间，节上着生叶片，叶腋内长出分技。茎的表面虽也有少量油腺，但精油含量极微（签杆鲜重出油率为0.001-0.004%)。另一种叫匍匐茎，它是由地上部直立茎基部节上的芽萌发后横向生长而成，其上也有节和节间，每一个节上都有两个对生的芽鳞片和潜伏芽，匍匐于地面而生长，有时其顶端也钻入土屮继续生长一段时间后，顶芽复又钻出土面萌发成新苗；也有的匍匐茎顶芽直挂萌发展叶并向上生长成为分枝。匍匐茎的颜色、数量、长度和粗细，常因品种和生长条件的不同而变化。
2.地下茎(又称地下根茎）外形如根，故习惯上常称为种根。通常当地上部直立茎生长至一定（八个节左右）髙度时，在土壤浅层的茎基部开始长出根茎，随后逐渐生长增多。第一次收割后，这些地下根茎在水分适合的条件下又萌发出苗(即二刀苗)，生长至一定阶段又再长出新的种根，即成为秋播时的材料。地下根茎上也有节和节间，节上长出须根，每一个节上也有两个对生的芽鳞片和潜伏芽，水平分布的范围可达一尺左右，垂直入土深度较小，大部分集中在土壤表层三寸左右的范围内。试验表明：在自然条件下，地下根茎是没有休眠期的，也躭是说，在土壤温度和水分适合的情况下，一年中的任何时间，均可发芽和继续生长，长成植株。
地下根茎里贮藏着水分和养分，在条件适合的情况下，插种于土中能萌发成长为新的植株，这种新植株基本上可以保持本品种的原有形态和优良性状，因此，它是生产上用来繁殖的主要部分。