山茱萸和吴茱萸的主要区别是种属、形态以及药用价值的不同。
种属不同
山茱萸是山茱萸科落叶灌木或小乔木，别名山萸肉、药枣、枣皮、蜀酸枣、肉枣等。吴茱萸为芸香科小乔木或灌木植物，别名吴萸、茶辣、漆辣子、臭辣子树等。
形态不同
山茱萸的核果长椭圆形，颜色是红色或紫红色。果实饱满，像大红枣一样鲜艳有光泽，果期在9-10月。
吴茱萸的果实颜色是暗紫红色，表面不光滑，看起来像小瘤子，果期在10-11月。山茱萸开黄色花，而吴茱萸开白花。
药用价值不同
山茱萸性微温，味酸、涩，具有补益肝肾，涩精固脱的功效。用于眩晕耳鸣，腰膝酸痛等症。
吴茱萸性热，味辛、苦，具有散寒止痛，降逆止呕的功效。治疗寒疝腹痛，经行腹痛等症。