叶子区别：
山茱萸叶子对生，纸质，叶片呈卵状披针形或卵状椭圆形，长5.5-10厘米，宽2.5-4.5厘米，先端渐尖，基部宽楔形或近圆形，全缘，上面绿色，下面浅绿色。
吴茱萸叶子5-11小片，薄或厚纸质，叶片呈卵形、椭圆形或披针形，长6-18厘米，宽3-7厘米，全缘或近浅波浪状，小叶两面及叶轴长有绒毛。
花朵区别：
山茱萸伞形花序生于枝侧，花瓣4枚，舌状披针形，黄色。吴茱萸花序顶生，萼片及花瓣5枚，腹面具绒毛。
果实区别：
山茱萸核果长椭圆形，红色或紫红色。吴茱萸果序宽3-12厘米，果实成熟时暗紫红色，有油点。