西红柿苗期是西红柿抵抗病害比较弱的时期，很容易受到病害的侵袭。下面介绍几种西红柿苗期常见病害及其防治措施：
第一是猝倒病，连续阴天降雨最易导致这种病害。此病对西红柿苗为害严重，一般在幼苗出土后，遭受病菌侵染，致幼茎基部发生水渍状病斑，继而绕茎扩展，逐渐缢缩呈细线状，幼苗由于失去支撑而倒伏于地面。防治方法是避免低温高湿情况出现，及时放风，更不要在阴雨天浇水。苗期得病后，可以喷施72.2%的普力克水剂400倍，每平方米喷施兑好的药液2～3升。
另一种是立枯病，在播种过密或间苗不及时，温度过高都会引发此病。具体症状是在茎基部发病，颜色变褐，后病部收缩细缢，茎叶萎蔫，最明显的症状是幼苗白天萎蔫，夜间恢复。在发病初期喷施20%的甲基立枯磷乳油1200倍或95%的恶霉灵原药3000倍液，视病情隔7～10天一次，连续2～3次。
再是沤根病，在育苗阶段也会发生。表现为定植后幼苗不长新根，幼根表面锈褐色后逐渐腐烂，叶片变黄，严重的萎蔫枯死。要及时松土，增加土层通透性，也可喷施植物生长调节剂丰收一号增强抗病性。
晚疫病苗期也易发生，夏季雨水多、棚膜覆盖不严时易引发。发病迅速，会使幼苗茎秆变细呈黑褐色，湿度大时病部表面生白霉。防治药剂同猝倒病。
夏末还要防高温障碍和沤根这两种生理性病害。白天温度超过35℃持续时间长会影响花芽分化，表现为花少、花小、易落花。