1.菌丝徒长
食用菌接种后营养生长过旺，绒毛状菌丝生长致密，覆土后常"钻"出地面，并形成菌被。出现这种情况与菌种特性和环境条件有关，土层含水量较少、培养料含氮量过高、通风不良、空气湿度过大等都易引起菌丝徒长，产生"冒菌丝"现象。
防治方法：选用优质菌种；将板结的菌被撬松、破坏掉；覆盖细土，增大通风量，降低空气相对湿度；用喷重水的方法促使菌丝扭结；喷施生长调节剂。
2.菌丝萎缩退化
在发菌及出菇阶段，有时会出现菌丝发黄、发黑、萎缩退化甚至死亡的现象。
料害：料内碳氮比失调、培养料酸化、滋生杂菌、消毒杀菌药剂使用不当等。应加强预防，搞好培养料的配制与发酵。若培养料酸化，应喷适量石灰水调节；若因消毒剂不当引起菌丝退化，应重新调整培养料。
湿度过大：菌丝怕湿不怕干。注意通风散湿，适当改变喷水方法。
高温热害：加强通风、调温控湿，使菌丝恢复生长。
菌丝活力不强：可喷三十烷醇、蛋白胨溶液或蘑菇健壮剂。
3.畸形菇
薄皮菇：覆土过薄；菌丝生活力不强或菌丝徒长；菇房通风不良，高温、高湿；出菇密度大。防治方法：合理覆土，加强通风，适当追肥。
空心菇：土层水分不足；幼菇生长过程中气温变化大；培养料干湿不均。防治方法：维持菇棚合适的温、湿度。
硬开伞：气温突然下降，菌柄与菌盖生长不平衡。防治方法：注意保温，减少温度变化。
地雷菇：土层含水量过低；土层内菌丝萎缩；气温偏低。防治方法：适量喷水，覆土不宜过厚。
长柄菇：空气湿度过高、通风不良。防治方法：加强通风换气，喷施健壮剂。
球菇：种块过大，覆土不均匀。防治方法：菌种撒匀；适当增加覆土厚度。
铁锈斑菇：喷水后未及时通风。防治方法：喷水后延长通风时间。
鳞片菇：气温偏低，环境干湿度差突然加大。防治方法：保持空气湿度稳定。
红根菇：土层过湿；施肥浓度过高。防治方法：产菇期控制喷水量。
玫瑰冠菇：化学物质污染。防治方法：避免使用污染材料。
