唐菖蒲花叶病为唐菖蒲常见病害。症状表现为感病叶片上形成褪绿斑点，由于受叶脉限制，斑点呈多角形，病叶扭曲变小，花梗和苞叶变短，茎部有时出现深绿色斑驳，植株矮小、黄化，花朵变小，某些品种花瓣碎色、花朵畸形。
初夏植株新叶病状尤为明显，盛夏时节则不显著。有时叶上形成深绿与浅绿相间的斑块状花叶。连年感病种球变小，子球数目减少，甚至不形成子球。
病原主要是菜豆黄花叶病毒和黄瓜花叶病毒。唐菖蒲的大部分病毒都可以由蚜虫和叶蝉传播，也能由汁液传毒。
防治方法包括：选择无病植株留种球；清除田间病株和花圃附近的杂草及其他毒源植物；用茎尖组织培养脱毒种球；喷洒杀虫剂防治传毒蚜虫和叶蝉。