对于木耳的病虫害防治应贯彻“以防为主，综合防治”的原则。
主要虫害防治:主要有蚊类、蝇类、螨类、蛞蝓、线虫、跳虫等。
1、搞好环境卫生，消灭越冬虫源。及时处理废料和污染袋，彻底消除棚室内及四周的垃圾及其它易[非法词被屏蔽]物质，地面撒一层石灰。
2、防止成虫入内。发菌室装纱窗纱门，成虫高峰期每隔3-5天在窗门纱上用80%的敌敌畏500倍液或用50%可湿性敌百虫1斤，加水1000-1500斤喷洒。
3、诱杀。(1)糖醋液(白酒0.5份、水2份、红糖3份、醋4份)放入瓷盘中，再滴入几滴敌敌畏或敌百虫，置于发菌室或栽培室内诱杀成虫。(2)用黑光灯或普通白炽灯诱捕成虫灯下置一盘废耳或肥料浸出液，加上几滴敌敌畏诱杀。
4、在成虫高峰期用80%敌敌畏800倍液每隔3-5天对耳棚(室)进行喷雾。
5、蛞蝓。可人工捕杀也可用蜗牛净拌入碎青草中，于傍晚撒于栽培场所附近进行诱杀;用菇哈哈喷雾可以杀死线虫，浓度为600毫克/升;栽培养室发生跳虫，可喷0.1%的鱼藤精或除虫菊酯(1：500-2000)。