利用害虫的习性进行防治
喷丝性。菌蚊的幼虫有喷丝的习性，又群居拉网，用丝将菇蕾罩住，所以很容易被发现。另外其蛹结有白茧，也容易被看到。对这些害虫可进行1～2次捕捉消灭。
怕燥性。瘿蚊有幼体繁殖的习性（一头幼虫可以从体内繁殖出20多头小幼虫），但瘿蚊虫体小、怕干燥。可将发生虫害的菌袋在阳光下曝晒1～2个小时或撒上石灰，虫就会干燥而死。
喜水性。跳虫有喜水的习性，对于发生跳虫的菇块可用水诱集后消灭。
变色性。有些鳞翅目害虫（如谷蛾和夜蛾类）幼虫成熟后个体很大，颜色也比较艳丽，在采菇和管理时很容易被发现，可随时捕捉消灭。
趋味性。①一些害虫（如蝇科和螨科害虫）对糖醋液有强烈的趋味性，可在菇房中设诱杀盆，盆内盛入白酒、水、红糖、醋（按0.5∶2∶3∶3.5的比例），再加入少许敌百虫或敌敌畏。②螨虫对炒熟的种子香味有强烈的趋味性，可将炒香的菜子饼或棉子饼撒到纱布上，当螨虫聚集在纱布上后，把纱布放入浓石灰水中浸泡，杀螨效果可达90％。③用57％的辛硫磷0.25千克、麦麸1.5～2.5千克，加适量水，傍晚撒于菇房周围，可诱杀大蟋蟀、蝼蛄等。
利用物理方法杀灭害虫
黑光灯或黏虫板诱杀。蚊蛾有趋光性，可以用黑光灯或节能灯诱杀之，方法是：在菇房灯光下放诱盆，内加0.1％的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死；也可以在强光处挂黏虫板，黏虫板上涂40％的聚丙烯黏胶，有效期可达两个月。
水浸法防治害虫。使虫体浸于水中造成缺氧，促使原生质与细胞膜分离致死。但必须注意栽培袋（块）要无污染、无杂菌，而且菌块经2～3小时的浸泡不会散，否则水浸后菌块会受污染、传染上杂菌或散掉。方法是：瓶或袋栽培的可将水注入瓶、袋中，块栽的可将栽培块浸入水中压上重物，避免浮散，浸泡２～３小时幼虫便会死亡漂浮。浸泡后的瓶、袋沥干水后即放回原处。
其他方法。在菇房门口、窗和通气口安装60目纱网，阻止成虫入内，或在地道菇房进出口处的几十米内保持黑暗，注意随时关灯，防止成虫趋光而入。
利用土农药防治害虫
除虫菊（或博落回、猫儿眼、青藤根、石蒜）1千克加水200～300升喷雾，能杀死为害段木栽培黑木耳的黑光甲。
将半夏、野大蒜、桃树叶和柏树叶捣烂，加等量的水浸泡后取滤液喷施，可杀死蚤蝇科害虫。
喷洒1∶200～1∶150的除虫菊药液可杀灭跳虫。另外，在菇床上撒一层除虫菊或烟草粉末也能防治跳虫。
利用生物防治
小菌蚊蛹期可能会被雄蜂寄生，寄生率为50％以上，要注意保护和利用这种小菌蚊的天敌。
澳大利亚利用小杆线虫寄生眼蕈蚊收到了很好的效果，并研究出了离体培育繁殖大量小杆线虫的方法，至今繁殖量已超过20亿条，这种方法值得研究推广。
用蜘蛛（如草间小黑蛛、黄褐新园蛛等）防治田间间作食用菌的菇蝇、小菇蚊等害虫也有一定效果。
改进栽培措施
菌种培养室应定期检查和熏蒸，制作菌种时应用棉球塞紧试管，外面包一层牛皮纸，以防害虫侵入。如菌种已发现害虫，必须经过熏蒸或低温冷冻等方法处理，经检查确定害虫死亡后方可使用。
收菇后要认真清洁料面，除掉菇根及烂菇并集中深埋。
对发病严重的老栽培室要进行熏蒸消毒（包括种菇用过的架子、工具等）。方法是：以每立方米容积用80毫升福尔马林加入40克高锰酸钾的比例进行熏蒸，装高锰酸钾的容器要深，其容积要比福尔马林的总需要量大40倍以上。熏蒸时要密闭栽培室，两天后打开门窗换气，24小时后再将菌袋送入。也可用硫磺熏蒸，用量为每立方米5克，密闭48小时后通风两天再进料。
收完3～4茬菇后及时清除料块，并远离菇房进行高温堆肥发酵或喷药，避免害虫在废料中繁殖。
严禁新老培养块同放一个菇房，以免害虫传播到新菇块中。
除培养料要经过熏蒸及二次发酵外，覆土材料也要经过高温或药剂处理。
要适当浇水，特别是要避免向菇体直接喷水，浇水过多、菇床和菇房湿度过大会造成菌丝和菇蕾腐烂，易滋生害虫。