利用害虫习惯进行防治（1）对菌蚊可用人工捕捉；（2）将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下曝晒1—2小时或撒上石灰粉，可有效杀灭瘿蚊。
诱杀：（1）蚊蛾可用黑光灯或节能灯诱杀，方法是在灯下的水盆中放入0。1％的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死；（2）在强灯光处放置涂有40％聚丙烯的粘虫板可诱杀粘虫。
曲霉的防治：（1）及时消除废料；（2）瓶装料时料不能与棉塞相接触，装瓶完毕后洗净瓶口，除去杂物，维持棉塞干净；（3）食用菌采收完后施用5ppm的多菌灵。
绿霉的防治：（1）下降菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，拦截霉菌孢子飞扬传播；（2）取生石灰9份、多菌灵1份、水适量拌匀，涂刷霉菌处；（3）生料栽培时，每100公斤干料中添加克霉灵100克，可彻底避免霉菌滋生；（4）在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后，再在其外围喷水；（5）用5％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消散后排掉石灰水，补上新料；（6）在霉菌处涂95％的酒精或煤油，点火将其烧掉，此后挖除，填补新料。
细菌的防治：（1）培养基灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间都要达到恳求；（2）培养基做好后，在30℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染培养基；（3）培养基内可加入抗生素，通常以每毫升100—200单位为宜。