一、病毒病
1、危害症状：植株矮化、叶片褪绿、皱缩、蕨叶状；或呈叶脉失绿变黄的花叶；果实有凹陷褐色条斑。是造成三落（落花、落果、落叶）的主要原因。
2、防治方法：清除辣椒地周围杂草。全生育期重视防治蚜虫。发病前可用20％病毒Ａ500倍液，或病毒克星400倍液，或1.5％植病灵1000倍液喷苗。
二、黄萎病
1、危害症状：病菌在土壤里从根部伤口侵入，是典型的土传病害。植株半边叶片中午天热时萎蔫，逐渐变黄。有的整株萎蔫枯黄而死，维管束变成褐色。
2、防治方法：每亩用50％多菌灵1.5公斤，定植时按1：50配成药土穴施。定植成活后可用50％托布津500倍液，加50％多菌灵800倍液混合灌根；或用50％琥胶肥酸铜500倍液喷雾；或增效双效灵300倍液灌根。每株灌药液0.3公斤，隔10天灌1次，连续灌2-3次。
三、疫病
1、危害症状：疫病是辣椒的一种毁灭性病害，苗期和成株期均可发病。幼苗发病，在茎基部出现水浸状暗绿色软腐、苗倒伏。叶片病斑暗绿色、病健分界明显，扩展快。湿度大时病部可见到白霉。病叶干后变为褐色。果实病斑呈暗绿色水浸状，软腐，干燥后变为褐色而枯缩。潮湿时，病果上密生灰绿色霉状物。
2、防治方法：选用抗病品种。实行轮作。加强田间管理。定植缓苗后打2次1：1：240倍波尔多液，每次打药除喷叶正背面和茎秆外，还要使药流入根部，并喷雾所有裸露的株间地面。发病初期可用50％甲霜灵锰锌400倍液；或50％瑞毒铜500倍液；或60％杀毒矾400倍液。每隔7-10天喷1次，连续2-3次。
四、炭疽病
1、危害症状：果实表面初生水浸状黄褐色病斑，扩大成长圆形或不规则形，凹陷，有稍隆起的同心轮纹，病斑边缘红褐色。潮湿时，病斑上产生浅红色粘稠物质。干燥时，病斑常干缩，呈膜状。破裂。果实受日灼伤的易发病。
2、防治方法：播种前对种子进行处理：用55度温水浸种10分钟，冷却、阴干后播种。加强田间管理。发病前或发病初期喷：1：1：200倍波尔多液；或75％百菌清600倍液；或65％代森锌400倍液；或50％多菌灵400倍液。上述药剂交替使用，每隔7-10天喷1次，连续2-3次。
五、灰霉病
1、危害症状：幼苗初期子叶先端变黄后扩展到幼茎，缢缩变细、折倒。茎初期水渍状不规则病斑，后变褐色至灰白色，病斑扩展到绕茎一周时，其上端枝叶萎蔫枯死，潮湿时病部表面长有灰色霉状物。果实被害后，病部变为灰白色，软腐，后期在被害果的果、花托、果柄上也长出灰色霉状物。早春多雨潮湿或生长期间低温受冻，均有利于发病。
2、防治方法：加强田间管理，通风降湿，防冻保温。春茬辣椒用生长素抹花或喷花，在每公斤生长素药液中加1克速克灵或农利灵。在发病初期用农利灵，或速克灵，或扑海因均1000倍液，重点喷果。7-10天喷1次，连喷2-3次。
六、青枯病
1、危害症状：青枯病又称细菌性枯萎病。从株高30厘米开始叶片萎蔫下垂，夜间暂时恢复，以后全株枯死。近地面茎内（维管束）变为褐色用手挤压有污白色粘液溢出。多雨、潮湿或久旱大雨，天气转晴，气温急剧上升，最易诱发青枯病。
2、防治方法：选用抗病品种。实行轮作。发病严重地，结合整地时施消石灰调整土壤酸碱度呈微碱性。改进栽培技术，避免根部积水。发病初期可选用72%农用硫酸链霉素4000倍液，或77%可杀得500倍液；或用50％琥胶肥酸铜500倍液等药剂灌根，每株灌药液0.5升，每10天1次，连灌3-4次。