软腐病又叫湿病、指孢霉菌病。该病是由指孢霉菌感染所致。多数是通过气流和溅起的水滴传播，孢子污染覆土也会导致发病。覆土过湿，温度太低，也容易发生这种病。
指孢霉菌多发生在菇床表面，菇床上先出现白色棉毛状(也叫蛛丝状)菌丝，若不及时处理，菌丝便迅速蔓延，把小菇蕾全包围。先只看到一团白色菌丝，后期变成水红色。子实体受其侵染后，菇体变软、倒伏、腐烂。
防治措施：
(1)搞好环境清洁卫生，病菇及时清除烧掉或深埋掉；
(2)加强菇房通风，降低相对湿度；
(3)发病区撒一层石灰粉，抑制病菌生长；
(4)喷洒2％一5％的甲醛水溶液(指孢霉菌对甲醛较敏感)，甲醛对蘑菇和菌丝也有损害作用，故用时千万小心。