茄子枯黄萎病是一种毁灭性病害，一旦发生很难防治，必须以预防为主。其物理防治包括选用抗病、耐病品种等。育苗要用未种过茄科蔬菜的田园土，切忌重茬。整地时要施足基肥，增施磷、钾肥，冬季栽培时覆地膜可减轻病害。适时定植，合理灌溉，避免土壤湿度过大，设施栽培要注意通风排湿。发现病株要及时拔除、烧毁或深埋。嫁接育苗防病：茄子枯黄萎病是土传病害，目前还没有效果明显的药剂可以防治。传统的预防方法是轮作，轮作周期为4—5年，这对日光温室生产很难做到，通过嫁接可有效控制枯黄萎病的发生。
化学防治可采用用50％多菌灵500倍液浸种，或用种子量0.2％的50％的福美双或克菌丹进行拌种。结合定植前每666.7平方米撒50％多菌灵可湿性粉剂4—5千克，撒后翻耕15厘米。育苗时用50％的多菌灵或五代合剂消毒。定植后可用50％多菌灵500倍液灌根，每株灌药0.25千克，连灌2次，或用70％的敌克松500倍液灌根。