(1)基肥。施用基肥的目的是为了满足南瓜整个生长期对养分的要求。基肥以有机肥为主，配合氮、磷、钾复合肥。用量一般占总施肥量的1/3--1/2，每亩施有机肥3000---4000千克，磷、钾肥全部或大部分作为基肥，并与有机肥混合一起施入土层中，在有机肥不足的情况下，每亩补施氮、磷、钾复合肥15--20千克。当肥料用量较大时，采用撒施结合深耕。肥料较少时，为了提高肥料利用率，可采用开沟集中条施或穴施。
(2)追肥。苗期追肥以氮为主，目的是促进秧苗发棵。一般每亩施氮肥5--8千克。结果期则需要及时补充氮、磷、钾肥以利于果实充分膨大。一般在坐果后每亩追施10--15千克、硫酸钾5--10千克。在南瓜生长的中后期，根系吸收养分的能力减弱，可采用根外追肥的方式来满足植物生长所需要的养分供应。一般用0.2%--0.3%尿素、0.5%--1%氯化钾、0.2%--0.3%磷酸二氢钾，每7—10天喷一次，连续喷2—3次。