为害银杏树的病虫害很少。主要病害有银杏树叶枯病和干腐病，均为真菌性病害。叶枯病可在生长前期用25%的多菌灵500倍液或70%的甲基托布津600倍液喷布2-3次，并及时清除落叶烧毁。干腐病的防治可参照苹果。主要虫害有天牛、蓑蛾、蓟马和卷叶蛾。蓟马为害银杏树幼嫩叶片，可在生长前期喷2.5%的敌杀死乳油2000倍液或20%的速灭杀丁(杀灭菊酯)乳油3000倍液，也可用40%的乐果或氧化乐果乳油1000-1500倍液进行防治。卷叶蛾幼虫初夏缀叶蛀食，可人工摘除虫苞、卷叶，在成虫发生时挂糖醋罐诱杀，或喷50%的辛硫磷乳油1000倍液防治。