在无公害韭菜的生产中，由于加强了品种的选择、肥料消毒和各期管理，韭菜病虫害的发生较少。一旦发生病虫害时，也应尽量使用低毒农药。下面我们就介绍几种病虫害的防治方法。
1灰霉病
灰霉病俗称白点病，是韭菜保护地栽培中危害最严重、最普遍的一种叶部病害。低温、高湿发病重；遇阴天，尤其是保护地生产中通风少、湿度大时发病重。预防方法有：改良严重土壤、合理密植、控制湿度、注意通风等。
2疫病
疫病多发于夏季高温、多雨季节，根、茎、叶、花、薹都可被侵染，以叶鞘根茎受害最重。防治方法：用5%的百菌清粉尘剂，每667平方米用药1千克，7天一次。发病初期用60%的甲霜铜可湿性粉剂600倍液，或72%的霜霉威水剂800倍液，或65%琥乙磷铝可湿性粉剂600倍液灌根或喷雾，10天一次，交替使用2--3次。
3韭蛆
幼虫为腐食性害虫，群集于地下蛀食根茎，导致地下腐烂，叶片泛黄、下垂最终死亡。防治方法是：施用充分腐熟的肥料，或在有机肥沤制前用800--1000倍的90%敌百虫液喷洒，充分混匀，堆集腐熟。追肥时不能冲施未经沤制腐熟的人粪尿，并尽量采用沟施的方法。底肥一定要深施。在韭菜春季发芽前，幼虫发生初期用2.5%的敌百虫粉撒在植株基部土表层，或将90%敌百虫粉剂配成800倍液，或40%辛硫磷乳剂1000倍液，或2.5%溴氰菊酯乳油2000倍液及其它菊酯类农药如氯氰菊酯、功夫、氰戊菊酯等，装在喷雾器中，将喷头中的旋水片取出，对准植株注入根部附近土壤，消灭早期幼虫。对于成虫可采用糖醋液诱杀的方法，将糖、醋、酒、水按3：3：1：10的比例配制成混合液再加入1/10的90%敌百虫，分装在碗中，每667平方米放置8--10个盛有糖、醋诱杀液的小碗，5--7天更换一次。
4葱蓟马
葱蓟马又叫烟蓟马、棉蓟马。主要以成虫和若虫潜藏在植株的叶鞘内和叶片上吮食汁液，致使叶片上留下白色长斑点，影响光合作用。防治方法：第一，冬季韭田回秧后的干叶一定要尽早搂净，附近的杂草、落叶也要清理干净集中烧毁，根除葱蓟马越冬场所，减少虫源。第二，春季温暖干旱季节要注意及时浇水，增加田间湿度，控制葱蓟马的繁殖和活动。第三，发现危害立即防治，用40%辛硫磷乳油1000倍液，或80%敌敌畏乳剂1000倍液，或50%灭蚜松1000倍液，连续喷洒2--3次。
在韭菜的无公害生长中，如果发生病虫害，一定要按照国家规定有限度的使用农药，即使是高效低毒、低残留农药也要在国家规定品种范围内使用。施药的用量、次数和安全隔离期也要严格掌握。下面我们列出禁止在韭菜生产中使用的农药，以便大家严格执行。
禁用农药：甲拌磷、治螟磷、对硫磷、内吸磷、甲基对硫磷、杀螟威、久效磷、磷胺、甲胺磷、异丙磷、三硫磷、氧化乐果、磷化锌、磷化铝、甲基硫环磷、甲基异柳磷、氰化物、克百威、氟乙酰胺、砒霜、杀虫脒、西力生、赛力散、溃疡净、氯化苦、五氯酚、二溴氯丙烷、401、六六六、DDT、氯丹及其它高毒高残留农药。