红薯收获应掌握在当地旬平均气温降至14℃至15℃时为宜，一般在11月上旬立冬前后收获，抢晴天收挖。在操作时，要注意精收细运，尽量防止挖伤、擦伤、撞伤。进窖前，刮去窖壁旧土，用石灰浆涂抹处理。窖底铲除陈土15厘米厚，清除陈土后，撒上层石灰，用硫磺熏窖。每立方米用硫磺50克，点燃后封闭窖口熏1至2天，再打开通气孔。窖内喷洒1%硫酸铜溶液或甲醛50倍液，也可用甲醛与高锰酸钾混合，密闭熏蒸。红薯进窖后，切忌封窖过早，注意通风散热，防止烧窖，保持15℃至20℃的温度和90%的相对湿度。冬至以后，寒潮频繁，气温较低，应注意保温防寒，使窖内堆温保持12℃至13℃左右为宜。立春后，天气时冷时热，气温变化无常，而此时红薯开始萌动，抗性减弱，容易腐烂，因此，天气转暖时应及时通风降温。
一、温度①高温当温度在16℃以上时，薯块呼吸作用加强，放出大量水分，自身抗性下降，给病害病菌创造了有利条件，从而使薯块烂坏。②低温温度低于9℃，持续10天～13天，薯块就会受冷害腐烂。冷害和冻害不同，冻害是薯块处在－2℃的温度下，细胞间结冰，细胞壁破裂死亡，冷害则是长期低温，薯块生理机能受到抑制衰竭死亡，两者特征均为软腐。
二、病害红薯窖藏期的主要病害是软腐病、黑斑病、青霉病等，其中，黑斑病、软腐病最为普遍。致病原因是：①收刨时没有严格挑选。②粗收、粗运、粗放。③温度管理不当，导致了某些病菌的传染蔓延。
三、湿、干害薯块田间长期水渍或过于干旱，入窖后由于大堆放置，薯块呼吸放出大量的热和水分，即为“发汗”。发汗后的薯块由于湿害进一步加重，不久便会腐烂。受干旱影响的红薯，发汗后组织内失水增多，造成生理萎缩，抗病能力下降而糠心腐烂。
四、缺氧薯窖小，存量大，排气设施差，薯块入窖后温度偏高，在氧气供应不足的情况下，长期无氧呼吸产生大量的酒精，引起薯块中毒腐烂。
红薯在收获、贮藏过程中，只要注意每个环节，采取科学的管理措施，烂窖现象是完全可以避免的。对此提出以下防止对策：
（一）适时收刨，精心挑选红薯在日平均气温稳定在15℃时开始收获，在不低于10℃时收获结束，一般夏薯在10月底（即霜降前）收刨入窖。收运时做到“三轻三防”，即：轻收、轻运、轻放；防碰伤、防雨淋、防霜冻。随收随入窖，不存隔夜薯，伤、冻、病、青头薯要严格剔除。
（二）薯窖清扫消毒入窖前，用铁铲刮除窖壁旧土，清扫窖底残薯等杂物，然后用生石灰粉或石灰水喷洒窖壁。或每37立方米的空间，用50克硫磺粉，点着后密闭熏蒸一夜。
（三）薯块带药下窖入窖时，用40％多菌灵700倍液或系列保鲜剂浸沾薯块5分钟～10分钟，然后入窖。方法是，将药液盛在大缸或大锅里，把挑检的薯块装在筐里浸入药水中，提起沥去药水即可下窖。
（四）合理堆放为确保薯块有一个良好的通透环境，窖内薯块不能装的太满，一般薯堆只能占窖容积的70％。
（五）贮藏期管理薯块在贮藏期温度以10℃～15℃为宜，11℃～13℃为最佳。薯块入窖初期以通风散温，排水降湿为主，温度不超过10℃，相对湿度保持在85％左右，若湿度不足，可往窖内泼酒些坑塘水，增加窖中湿度。贮藏中期以保温防寒为中心，温度不低于10℃，相对湿度不低于90％，窖口要盖严，避免冷风、雪水入侵。后期正处立春后，地温开始回升，温度保持在12℃左右，相对湿度为85％，风雨天密封窖口，晴天注意通风换气，延长保鲜时间。