黑木耳生产过程中，高温高湿的条件下，杂菌及病虫害较多。如环纹炭团菌、牛皮箍、韧皮菌、青霉、木霉等杂菌在耳木上生长，消耗养分，占据生长空间，并分泌有害物质抑制黑木耳菌丝生长及子实体形成和发育。又有伪步行虫、线虫、蚂蚁、蓟马等害虫大多蛀食耳片和耳根、或耳木，还会传播病虫造成危害。一般防治方法有：
1.选用高产抗逆力强菌种。
2.尽量保护好段木树皮，用石灰水对截口消毒。
3.保持耳场清洁、经常消毒。
4.木耳成熟后要及时采收，并做好收耳后清理工作。
5.发现感染杂菌或虫害的耳木或培养料，要立即搬离现场，减少病原传播。
6.局部发生病虫害，可采用人工捕捉，部分挖除等方法处理。
7.做好越冬耳木管理。
8.栽培过程中做好温度、水分、通气的调控，采取促进木耳生势为主、药物防治为副的管理方针。