西兰花主要病虫害有黑腐病、软腐病、霜霉病、黑斑病、菌核病、菜青虫（包括小菜蛾）、夜蛾、蚜虫、跳甲等。苗期主要病害为猝倒病、立枯病、霜霉病、黑斑病、细菌性黑腐病等。防治应加强肥水管理，合理定植、轮作等。发病后药物喷施7天一次，连续2到3次。主要虫害为小菜蛾、菜青虫、蚜虫等，其防治方法是合理布局，避免十字花科蔬菜长期连作，清除田间残株。
猝倒病发病初期用53%金雷多米尔水分散粒剂600—800倍液喷雾或喷淋。叶霉病、黑斑病、霜霉病、褐斑病、黑胫病等真菌性病害，用25%阿米西达悬浮剂1250—2000倍液喷雾2次。黑腐病、软腐病可用农用链霉素、新植霉素或铜制剂叶面喷雾。缺硼症可在施基肥时加入硼砂，每亩1.5千克，定植成活后用0.3—0.5硼砂水溶液喷施叶面和淋植株根部。病毒病防治蚜虫，用25%的阿克泰水分散粒剂10000倍喷雾。斜纹夜蛾、小菜蛾、甜菜夜蛾，每亩用8000IU益万农（BT）粉剂100克喷雾，3龄前防效最好。
西兰花属十字花科作物，易发生多种病虫害。移植后应及时调查预防病虫害的发生，以喷内吸剂为预防药剂，以熏蒸、触杀为发生防治药剂。使用绿色、无污染的农药进行防治，因出口检测严格，不能超标。