大葱锈病主要为害叶片，初期表现为椭圆形、黄色且稍隆起的疱斑。随着病情发展，病斑表皮破裂，散出橙黄色粉末，即病菌的夏孢子堆或夏孢子。在病害严重的情况下，与病斑相邻处会出现新的长椭圆形至纺锤形斑点，这些斑点隆起后会纵向破裂，散出紫褐色粉末，即冬孢子。秋天后，疱斑会变为黑褐色，表皮破裂后散出暗褐色粉末，即病菌的冬孢子堆和冬孢子。重症植株的叶片和花梗会变成麦秆色并干枯。
