大葱灰霉病主要侵害叶片和花梗，偶可为害鳞茎。发病初期，病斑小而略凹陷，逐渐扩大为椭圆形或梭形，颜色从褐色变为紫色。潮湿时，病斑上出现黑色霉层，并伴有同心轮纹，病部易折断。在大葱和洋葱上，病斑呈紫褐色；而在大蒜上，病斑则为黄褐色。湿度高时，病斑上布满黑褐色霉状物，排列成轮纹状，严重感染的植株叶片和花梗会枯死。在切顶后的鳞茎和颈部感染时，组织会呈现半湿性腐败，颜色由红或黄渐变为暗褐或黑色。贮藏期间，病害可能继续发展。
