辣椒苗期和成株期均可发生疫病。苗期染病时，幼苗茎部呈水渍状软腐，导致上部猝倒，病斑多呈暗绿色，湿度大时可长出白色稀疏霉层。成株期发病主要影响根、茎，根部受害呈褐色长形斑，病斑长3～5厘米，可围茎，病健交界明显，病斑凹陷或稍缢缩，最终引起整株枯萎死亡。茎部多在近地面及分叉处发病，初为暗绿色水渍状病斑，后缢缩变为黑褐色，导致病部以上茎叶枯萎死亡。叶片发病初为暗绿色水渍状近圆形病斑，后扩展为不规则黑斑，叶片软腐易脱落。辣椒感染疫病后会造成植株倒伏，大量落花落果，叶片干枯。
