辣椒青枯病的防治：选用优良抗病品种、合理轮作、种子处理、适时播种、苗床消毒、培育壮苗、适时移栽、合理密植、加强肥水管理、及时预防、发病初期用药防治以及清洁田园等。种植前撒施石灰，每亩100斤，另外预防药品就是芽孢杆菌类，例如多黏芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等。严格控制大水漫灌，发现发病可用铜剂+乙蒜素灌根。
农业防治实行轮作。有计划地轮作，能有效降低土壤含菌量，减轻病害发生。改良土壤。青枯病病菌喜偏酸性土壤，结合整地施基肥，每亩施熟石灰粉100公斤，使土壤呈中性或微酸性，能有效抑制该病的发生。优化栽培方式。采用高垄或半高垄栽培方式，配套田间沟系，降低田间湿度，同时增施磷、钙、钾肥料，促进作物生长健壮，抗病能力提高，能减轻青枯病发生。培育壮苗。采用营养钵、肥团、温床育苗，培育矮壮苗，以增强作物抗病、耐病能力。喷施微肥。喷施微肥可促进植株维管束生长发育，提高植株抗耐病能力。
药剂防治预防方案：专业杀菌农药进行灌根，7—10天灌1次，连灌2-3次。提前预防，一两白糖，一两尿素，一两钾肥，配成一百斤水灌根，一周一次，连灌三次，二是发病初期用可杀得喷雾防治，间隔一周，连喷两次。选用抗病品种，实行轮作，适当增施石灰调节土壤酸碱度，实行高窄畦深沟栽培，避免漫灌或深水长时间沟灌，避免施用未充分腐熟的土杂肥和有机肥，及早拔除并妥善处理病株。