小麦赤霉病防治关键时期是小麦抽穗至扬花期。该病具有潜伏性，抽穗扬花期高温高湿天气有利于病害暴发，以穗枯为害最重。防治最佳时期必须掌握在小麦齐穗期及时喷药，注意在扬花前和下雨前施药，间隔6-7天再喷一次。小麦抽穗扬花期下雨时，必须使用杀菌药剂进行防治。小麦赤霉病易防难治，应以预防为主。抽穗扬花期应普遍施药一次，之后根据情况每7天施药一次。预防应在小麦拔节期和扬花初期进行喷雾防治。在小麦齐穗至初花期用戊唑咪鲜胺等农药喷施效果最佳。小麦扬花始盛期施多菌灵等药剂预防效果较好。
