病菌以卵孢子在12～18厘米表土层越冬，并在土中长期存活。翌春，遇有适宜条件萌发产生孢子囊，以游动孢子或直接长出芽管侵入寄主。此外，在土中营腐生生活的菌丝也可产生孢子囊，以游动孢子侵染瓜苗引起腐霉猝倒病。病原腐生性很强，可在土壤中长期存活，在病株残体上及土壤中越冬。条件适宜即萌发侵染瓜苗引起猝倒。病原靠灌水或雨水冲溅传播，主要靠风雨、气流和昆虫等传播。
