长途运输的辣椒收获后应就地分级、修整、及时预冷、包装和运输。运输过程中需严格执行国家标准，保持适宜的环境条件，防止机械损伤和病菌侵染，同时注意防冻、防雨淋、防晒及通风。青椒极易失水萎蔫，因内部空腔，失水后变软、皱缩明显，故不可长期裸露。青椒对低温敏感，低于8摄氏度会发生冷害，导致萼片和种子变褐，果面出现凹陷小斑点，进而引发腐烂。青椒对二氧化碳气体敏感，贮藏中二氧化碳浓度超过2%会导致伤害，增加腐烂率。为防止二氧化碳伤害，垛藏时不宜堆积过紧，垛也不宜过大。
