马铃薯黑心病属生理性病害，由于块茎内部组织供氧不足引致呼吸窒息所造成。在不同的环境条件下，从内部变粉褐色到坏死，直至严重发展形成的黑心，均为缺氧引起。当氧气从块茎组织内部被排除或不能到达内部组织时，黑心会逐渐发展。同时，黑心病情发展受着温度的影响。过高、过低的极端温度，过于封闭的贮藏条件，通透性差，均会加重黑心病情。被害薯块中央薯肉变黑，甚至蓝黑色，变色部分的形状不规则，与健全部界限分明，虽然变色组织常发硬，但如置于室温下，将会变软。通常在低温下，形成黑心需较长的时间。这类黑心多因堆贮后空气流通不畅，导致缺氧引起；在温度过高时，例如36〜40°C，马铃薯呼吸作用加强，块茎本身产生的二氧化碳扩散太慢，以致中毒，也会发生黑心。