水稻稻瘟病菌通过气流传播，发病迅速，其流行与气候、品种、肥水管理及病原菌生理品种变异密切相关。病菌主要以分生孢子和菌丝体在稻草和稻谷上越冬，翌年产生分生孢子借风雨传播到稻株上，萌发侵人寄主向邻近细胞扩展发病，形成中心病株。病部形成的分生孢子再次借风雨传播，进行再侵染。播种带菌种子可引起苗瘟。
发病条件包括高温、高湿、品种及栽培条件等。抗病性差异大，一般耐肥力强的品种抗性也较强。同一品种在不同生育期或同一生育期组织的老嫩其抗病力也不同，苗期（四叶期）至分穗期和抽穗初期最易感病。就叶片而言，初叶当天最易感病，5天后抗病性逐渐增强，13天后很少感病。穗颈瘟以始穗期最易感病，抽穗6天后，抗病性逐渐增强。种植感病品种易引起发病。