化学肥料仅能为作物提供必要的养分，但往往导致养分供应失衡；相比之下，微生物肥料不仅能够有效平衡作物养分的供应，还能促进作物生长，控制病害，尤其在连作（重茬）土壤中的应用效果更为显著。此外，微生物肥料还富含腐殖酸和大量的活化因子，这些成分在传统化学肥料中并不存在。
