韭菜主要病害有韭菜白粉病,枯萎病,菌核病,韭菜虫害主要有葱地种蝇(根蛆)。
韭菜灰霉病主要危害叶片，可采用噻菌灵烟剂或灭霉灵粉尘剂进行烟熏防治，韭蛆主要危害根茎，可采用菊马乳油或辛硫磷乳油进行喷施防治。
首先应注意合理浇水，防止土壤湿度过大。其次是在每次收割后，可在墒面上撒施一薄层草木灰，一则能够起到吸热、吸湿和增温的作用，二则又能增加土壤中钾肥的含量，有利于植株稳健生长，增强抗病力。再次，若棚室栽培应注意棚内的通风排湿，减少叶面结露。另外，每次对清理下来的病叶、老叶等要集中深埋，以减少再侵染菌源。收割后应及时追施1次以磷、钾为主的复合肥，严禁过量施用氮肥。