南瓜疫病主要通过种子、土壤、雨水和灌溉水传播。在北方寒冷地区，病菌以卵孢子在病残体和土壤中越冬，由于菌丝耐寒性差，种子不能成为越冬媒介。在南方温暖地区，病菌主要依靠卵孢子和厚垣孢子在病残体、土壤及种子上越冬，其中土壤中的病残体带菌率较高，是主要的初侵染源。
