南瓜在栽培时需要施加充足的基肥，即在定植前施用。基肥主要选用腐熟的厩肥，并适量混合尿素肥和钾肥，以促进南瓜小苗的旺盛生长。南瓜适宜在pH值为5.0~7.5的中性土壤中生长，其强大的根系使其适应能力极强。农家肥如充分腐熟的鸡粪、猪粪、羊粪、牛粪、人粪尿、沼液、腐烂后的树叶、农作物秸秆及出蘑菇后的菌料等，都是优质的肥料。
南瓜施肥应根据其需肥特点进行。不同生长时期，南瓜对养分的吸收量不同。幼苗期生长量小，需肥量少；果实膨大期对氮的吸收量急剧增加，钾与氮的吸收规律基本一致，而磷的吸收量增加较少。基肥应以有机肥为主，配合氮、磷、钾复合肥。具体施肥应根据生长阶段进行，初期主要施加氮肥以促进根系发育，花期适当控肥避免徒长，结果后及时追施尿素肥和硫酸钾，以促进果实膨大，提高产量。