辣椒黄萎病是一种真菌性病害，主要发生在辣椒生长的中后期。初期症状表现为接近地面的叶片首先下垂，叶缘或叶尖逐渐变黄、发干或变褐，叶脉间的叶肉组织变黄。随着病情发展，茎基部的导管变褐，并沿主茎向上扩展至数个侧枝，最终导致全株萎蔫、叶片枯死脱落。严重时，叶片落光，植株成为光秆。
该病扩展较慢，通常导致病株矮化、节间缩短、生长停滞，造成不同程度的减产。横剖病株茎、根、分枝，可见木质部的维管束变褐色，但挤捏上述病部横切面，无米水状混浊液渗出，有别于青枯病。病株着生的果实变小，质硬，纵切病株上成熟的果实，其维管束也呈黑褐色。