韭菜黑根病的防治方法包括清洁园地、倒茬轮作和加强栽培管理。避免十字花科作物的连作，发病地块要进行土壤消毒，收获后的残根、残茎应清理干净。田间一旦发现病株，立即摘除病残体并带出田外销毁，然后进行药剂防治。常用的药剂有40%菌核净可湿性粉剂500倍液、50%乙烯菌核利可湿性粉剂1000倍液、50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、40%福星乳油8000倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液等，喷雾或灌根，每7～10天1次，连续防治3～4次。此外，还需注意防涝、合理覆土、选用抗病品种和合理密植。