软腐病病菌孢子会潜伏在土壤中越冬，次年春季温度回升后，通过土壤、昆虫及流水感染芹菜伤口。发病后通过同样方法传播，主要危害叶柄及颈部。发病初期病部出现水渍状深色斑点，斑点呈凹陷状，后期逐渐扩大形成斑块，然后腐烂，伴随恶臭味，病斑处穿孔，导致芹菜产量严重下降。主要为害叶柄基部，苗期至成株期均可发病。先出现水渍状、淡褐色纺锤状或不规则状的凹陷斑，后迅速向内部扩张，湿度大时，呈湿腐状，维管束变黑发臭。苗期染病，出现心叶坏死腐烂，呈烧心状。成株期主要发生在叶柄基部、茎基部和茎上。发病初期出现水渍状淡褐色纺锤形或不规则形的凹陷病斑，后迅速扩展，呈黄褐色或黑褐色，内部组织腐烂并有恶臭味，干燥后变黑色，最后仅残留表皮和维管束，严重时生长点烂掉下垂，全株枯死。