发病部位主要在小麦的秆、叶和叶鞘上，病株显著矮小，分蘖增多，病叶卷曲，重病株不能抽穗而枯死。有些病株虽能抽穗，但常卷曲于顶叶叶鞘内，即使完全抽出，多不结实，少数结实的籽粒也秕瘦。轻病株只有部分分蘖发病，其余分蘖仍能正常抽穗结实。
小麦秆黑粉病属于真菌病害，主要危害小麦的茎、叶、穗，堪称毁灭性病害。其病菌通常随患病的植株残体在土壤、粪肥中越冬。小麦被病菌感染的最初阶段，会出现与叶脉平行的条纹状孢子堆，引起叶片皱缩，在小麦拔节至孕穗期表现最为明显，植株矮化和严重扭曲，隆起的部分逐渐变黑、破裂，散出黑粉。感染植株矮小，分蘖增多，轻者穗卷缩在内鞘内，大多不结实，即使结实，种子也细小、皱缩，严重者抽穗前即枯死。