小麦麦茎蜂一年发生1代，以老熟幼虫在茎基部或根茬中结薄茧越冬。翌年4月化蛹，5月中旬羽化，5月下旬进入羽化期持续20多天。羽化后雌蜂用产卵器在麦茎上锯一小孔，将卵散产在茎的内壁上。幼虫孵化后取食茎壁内部，3龄后进入暴食期，常把茎节咬穿或整个茎秆食空，逐渐向下蛀食到茎基部，导致麦穗变白。幼虫老熟后在根茬中结透明薄茧越冬。
麦茎蜂的发生程度主要受气候因素、耕作栽培制度和品种抗虫性影响。温暖、湿度适中的气候有利于麦茎蜂繁殖，而北方寒冷干燥的气候则不利于其发生。重茬地、地边杂草多以及小麦穗茎节抽出期与麦茎蜂产卵盛期吻合都会加重虫害。此外，小麦品种间的抗虫性差异也是影响麦茎蜂发生的重要因素，如高原205抗麦茎蜂春小麦新品种的筛选成功。