小麦锈菌的冬孢子一般不起作用，主要以夏孢子或菌丝体在小麦上越夏，越冬。三种锈菌夏孢子耐高温和耐低温的能力不同，因此越夏，越冬的地区也不同。叶锈病菌的夏孢子比秆锈病菌耐低温，比条锈病菌耐高温，即在适宜范围内，能耐高温，又耐低温，因此在广大冬麦区可随自生麦苗越夏，并能就近侵染秋苗。经越冬后，来年气温回升，越冬菌源继续产生夏孢子堆传播为害。秆锈病菌的夏孢子对高温和低温都很敏感，在南方不易越夏，在北方不易过冬，因此秆锈病菌是以夏孢子传到晚熟春麦和自生苗上越夏，到秋季传到冬麦区，浸染麦苗，越冬后，春季又逐步传到春麦区。
小麦锈病的发病的原因主要与品种、菌源、温度、湿度、栽培管理、苗株长势等密切相关。1.品种原因：部分地区小麦品种连续种植多年，品种特性退化，抗病抗锈能力减弱。2.菌源原因：冬孢子、夏孢子在小麦田周围杂草或自生麦苗上越冬或越夏。3.栽培管理：一是土质黏重、地势低洼、排水不良的地块发病较重；二是偏施氮肥或氮肥施用过晚，以及栽植过密、田间荫蔽度大的田块易感病；三是植株生长柔嫩、成熟期延迟易受病菌侵染。4.温度：秆锈发病的适温度为18～25℃，叶锈为15～22℃，条锈为9～16℃。因此，在春季一般条锈病发病早，叶锈病次之，秆锈病迟。5.湿度：结露、下雨和降雾都有利于锈病发生。
小麦锈病病原菌远距离由气流传播，病原菌可以在花椒上越冬，主要要选用抗病品种。