该病由担子菌亚门柄锈菌属真菌浸染引起。病菌以冬孢子于土壤病残中越冬或以菌丝体夏孢子在寄主上越冬或越夏。夏孢子借气流传播蔓延，萌发后从寄主表皮或气孔浸人条件适宜能重复浸染。是主要浸染源，冬季温暖利于夏孢子越冬，夏季低温多雨利其越夏。天气温暖湿度高、露多雾大或种植过密、氮肥过多、钾肥不足发病重。
韭菜锈病是真菌引起的病害。周年以夏孢子转移侵染，借助气流传播。温暖而多湿的天气有利于侵染发病，尤其毛毛雨或露多雾大天气时较易流行。
韭菜锈病的传播途径是经过土壤到茎部感染到叶部。
病菌以菌丝体及夏孢子在寄主植物或病残体上越冬越夏；冬季温暖，有利于病菌越冬；夏季低温多雨有利于越夏。