小麦病株一般较健株稍矮，分蘖增多，病穗较短，直立，颜色较健穗深，开始为灰绿色，以后变为灰白色，颖壳略向外张开，露出部分病粒。小麦受害后，大多是全穗麦粒变成病粒，少部分穗为部分麦粒变成病粒。病粒较健粒短肥，初为暗绿色，最后变成灰白色，外面包有一层灰褐色薄膜，里面充满黑粉，并有鱼腥味，故称腥黑穗病。
病症主要有穗部，一般病株较矮，分蘖较多，病穗稍短且直，颜色较深，初为灰绿，后为灰黄。颖壳麦芒外张，露出部分病粒（菌瘿）。病粒较健粒短粗，初为暗绿，后变灰黑，包外一层灰包膜，内部充满黑色粉末（病菌厚垣孢子），破裂散出含有三甲胺鱼腥味的气体，故称腥黑穗病。
小麦腥黑穗病，麦穗为黑穗被外皮包裹，有腥臭味。
小麦受害后，大多是全穗麦粒变成病粒，少部分穗为部分麦粒变成病粒。病粒较健粒短肥，初为暗绿色，最后变成灰白色，外面包有一层灰褐色薄膜，里面充满黑粉，并有鱼腥味，故称腥黑穗病。