1、轮作倒茬。如果某个地块根腐病发生很严重，用了多种药剂进行预防和防治，但是效果都不理想，可以轮作倒茬种植几年，降低根腐病菌在土壤中的存活量。2、播种方面。播种要适时，既要避免苗弱、苗黄，又要控制旺长，同时整地质量的好坏，也能起到一定的预防效果。3、播前拌种。播前拌种是预防根腐病一种很有效的措施，可用多菌灵、福美双、苯醚甲环唑、咯菌腈等，一般都是和杀虫剂一起拌种，既能防虫又能防病。4、合理施肥。从底肥开始，不要过度的追求某一个含量的元素，比如过度追求氮肥，要合理施肥，除了氮磷钾外，中后期可补充中微量元素，另外，有农家肥的，结合农家肥施用，效果更好。
在返青至拔节期，可用50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂1000倍液，或25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液等药剂喷雾防治，药液要尽可能喷到茎基部；在小麦抽穗扬花期，结合防治赤霉病，可用50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液等药剂喷雾防治。喷药时可添加适量的硼肥和磷酸二氢钾，效果更好。
小麦茎基腐病的主要防治方法有，轮作倒茬、药剂拌种、叶面喷雾等。