1）对重茬重病地块实行2年轮作。（2）结合深翻，收获后彻底清理病残体，清除病原。（3）栽培过程中及时摘除病株，消灭病原。（4）加强田间管理，合理安排栽培密度，防止茎叶郁蔽。雨季遇雨及时排水，大棚内防止雨水流入棚内。浇水切忌大水漫灌，及时通风排湿。
农业防治。（1）对重茬重病地块实行2年轮作。（2）结合深翻，收获后彻底清理病残体，清除病原。（3）栽培过程中及时摘除病株，消灭病原。（4）加强田间管理，合理安排栽培密度，防止茎叶郁蔽。雨季遇雨及时排水，大棚内防止雨水流入棚内。浇水切忌大水漫灌，及时通风排湿。
75%百菌清可湿性粉剂700～800倍液，40%甲霜铜可湿性粉剂700～800倍液，1：0.5：200的波尔多液，50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，77%可杀得可湿性粉剂500倍液，50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，每7～10天喷1次，连续2～3次。
在发病初期喷56%靠山颗粒剂800～1000倍液，或36%甲基托布津悬浮剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，或30%氧氯化铜悬浮剂800倍液，或30%碱式硫酸铜悬浮剂400倍液，或40%百菌清悬浮剂600倍液。隔7～10天喷1次，连续2～3次，施药时应注意将药液喷在植株基部效果较好。
在芹菜黑腐病发生初期可以喷施噻菌铜来防治。
选择抗病品种，深翻地，加强田间管理。药剂防治。
（1）对重茬重病地块实行2年轮作。（2）结合深翻，收获后彻底清理病残体，清除病原。（3）栽培过程中及时摘除病株，消灭病原。（4）加强田间管理，合理安排栽培密度，防止茎叶郁蔽。雨季遇雨及时排水，大棚内防止雨水流入棚内。浇水切忌大水漫灌，及时通风排湿。化学防治。75％百菌清可湿性粉剂700～800倍液，40％甲霜铜可湿性粉剂700～800倍液喷雾。