农业防治：(1)选用抗(耐)病品种。(2)成片种植，防止叶蝉在早、晚稻和不同熟性品种上传毒。早稻早收，避免虫源迁入晚稻，收割时背向晚稻。(3)加强管理，促进稻苗早发，提高抗病能力。(4)推广化学除草，消灭看麦娘等杂草，压低越冬虫源。
药剂防治：预防时期包括秧苗二叶一心期、秧苗移栽后7—15天、孕穗初期。预防方法为在各时期使用TY病毒Ⅱ号30-50ml进行药液喷施。防治方法同预防方案，适当加大用药量，缩短用药间隔期，一般3天用药2次，可添加适量渗透剂如有机硅增强药剂渗透性。
治虫防病：水稻普通矮缩病的治虫防病应重点做好黑尾叶蝉的两个迁飞高峰期的防治，特别是早、晚稻田的防治。在越冬代成虫迁飞盛期，着重早稻秧田和早插本田的防治，同时在第一代若虫孵化盛期注意迟插早、中稻秧田的防治。第二、三代成虫迁飞期是全年治虫防病的关键时期，除保护连作晚秧田，做好边收早稻边治虫和本田田边封锁外，特别对早插本田应在插秧后立即喷药防治，每5-7天一次，连续2-3次。常用药剂有马拉松、两维因、杀螟松、敌百虫、稻瘟净、速灭威等，防治飞虱的药剂也可选择应用。