根和茎基部。受害植株从茎基部发病处折断，根茎内部组织腐烂坏死，病株的果穗往往下垂，籽粒松瘪，造成玉米提前枯死、倒伏，千粒重、穗粒重、穗长和行粒数降低。
玉米茎基腐病主要侵染玉米根部及茎基部，病菌自根系侵入，在植株体内蔓延扩展。在苗期剖根或茎基部检查时发现，木质部变褐，严重的初生根、次生根坏死、腐烂，造成根部和茎基部腐烂，引起倒伏或整株枯死。
