腐疫病菌以卵孢子、厚峘孢子或菌丝体随病组织在壤里越冬，在适宜条件下，壤带菌量逐年累积增多。每次较大降雨后，都出现一个侵染和发病的高峰，果实整个生长期均能受疫腐病的侵害，雨水大的年份发病重，雨后高温也是疫腐病发生的重要条件。苹果霉心病是由多种真菌引起的一种病害。病菌在病僵果或坏死组织上越冬，来年春季开始传播侵染。病菌通过花和果实的萼筒进入心室，在心室中扩展蔓延，并有一部分菌在心室里潜伏下来，直到贮藏期才发病。病菌的侵染率与萼筒开放率成正相关。凡果实萼口开、萼筒长的均感病，如红星、元帅等发病重；金冠、国光、富士等品种的萼心间均为封闭型，病菌难以侵入，心室带菌极少，因而比较抗病。果园地势低洼，树冠郁闭，树势弱的发病重。病菌以菌丝体在病僵果、坏死组织内或芽鳞片间越冬。翌年春天产生各种类型的孢子，借风雨传播，随着花朵开放，首先在柱头上定殖；落花后，病菌从花柱开始向萼心间组织扩展，然后进入心室扩展蔓延或潜伏，随果实的发育，霉菌开始增殖。