辣椒青枯病和枯萎病是两种常见的病害，对辣椒的生长发育造成严重影响。青枯病主要由连续重茬种植茄科作物（如辣椒、茄子、西红柿、马铃薯、花生等）在同一片土地上连续种植引发，高温高湿天气、偏酸性土壤、地势低洼、排水不良以及地下害虫（如地老虎）猖獗也会加重病害的发生。青枯病在久雨之后天气转晴、土温急剧上升时容易流行。
枯萎病则是由尖孢镰刀菌引起的，主要在幼苗期或开花坐果期发生，危害根部或根颈处。发病后植株出现凋萎，横剖病茎可见病部维管束变为褐色。枯萎病由辣椒镰孢霉引起，主要以厚垣孢子在土中越冬，通过灌溉水传播，也可随病土借风吹往远处。病菌发育适温为24°~28°，高37°，最低17°。该菌只危害甜椒、辣椒，遇适宜发病条件即从辣椒上部的伤口侵入或直接侵入。潮湿或水渍田易发病，特别是雨后积水，发病更重。