防治茄子菌核病应首先选种抗病品种并做好种子消毒，培育无病壮苗。其次，实施合理轮作倒茬和建立科学的耕作制度。再次，加强田间管理，控制田间湿度和温度，增加光照，预防田间积水。最后，在病害初发时交替使用腐霉利、菌核净、吡唑醚菌酯、甲基托布津、腈菌唑等农药进行喷雾防治。
