该病是一种细菌引起的维管束病害，播种带菌的种子，幼苗出土时即可发病，发病后叶片表现为边缘变黄，然后叶脉变黑，从叶缘向内形成V字形或不规则型黄褐色病斑，病菌能沿叶柄发展蔓延到根茎部和根部，使根茎部的维管束变黑，植株叶片枯死。通常萝卜肉根外部的症状不明显，但切开后可见维管束变黑，严重的内部组织干腐，形成黑色空洞，变为空心。
萝卜黑腐病俗称黑心、烂心，主要危害叶和根。幼苗期发病子叶呈水浸状，根髓变黑腐烂。叶片发病，叶缘多处产生黄色斑，后变V字形向内发展，叶脉变黑呈网纹状，逐渐整叶变黄干枯。该病多从叶缘和虫伤口处开始，向内形成V字形或不规则形黄褐色病斑。最后病斑可扩及全叶。肉质根染病后出现回褐色或灰黄色斑痕，内部维管束变黑色，髓部腐烂，严重时内部组织干腐，最后形成空心，但外部病状不明显，随着病害的发展和软腐菌侵入，加速病情扩展，使肉质根腐烂，并产生恶臭。病部菌浓不如软腐病明显，但潮湿时手模病部有质黏感。
发病普遍时，可选用下列药剂防治，如20%唑菌胺酯水分散粒剂1000∼1500倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1000∼1500倍液+75%百菌清可湿性粉剂600∼800倍液，50%福美双·异菌脲可湿性粉剂800∼1000倍液等喷雾，视病情间隔5∼7天喷一次。