种植胡萝卜的病虫害有黑腐病、软腐病、菌核病、黑斑病以及根结线虫。常见的胡萝卜病害主要有黑腐病、菌核病、软腐病和黑斑病。黑腐病为真菌病，主要为害肉质根，形成不规则形或圆形、稍凹陷的病斑，其上生黑色霉状物，后期肉质根变黑腐烂。宜在贮前剔除病伤的肉质根，并在阳光下晒后贮藏。采收和装运过程中避免破损。菌核病主要为害肉质根，被害部分软化腐烂。
