赤霉病是真菌病害，主要引起苗枯、穗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，从幼苗到抽穗都可受害。其中影响最严重是穗腐。苗腐是由种子带菌或土壤中病残体侵染所致。先是芽变褐，然后根冠随之腐烂，轻者病苗黄瘦，重者死亡，枯死苗湿度大时产生粉红色霉状物（病菌分生孢子和子座）。
小麦赤霉病主要发生在穗期，引起穗腐，穗腐在小麦扬花期后出现。最初在颖壳上呈现边缘不清晰的水溃状褐色斑，渐扩大至整个小穗，小穗随后枯黄。湿度大时，病斑处产生粉红色胶状霉层。后期其上产生密集的黑色小颗粒（病菌子囊壳）。用手触摸，有突起感觉，不能抹去：籽粒干笔并伴有白色至粉红色霉。小德发病后扩展至穗轴，病部枯褐，使被害部以上小穗形成枯白穗。
小麦赤霉病又称烂穗病、麦秸枯、烂麦头、红麦头、红头瘴，是由多种镰刀菌侵染所引起的、发生在小麦上的病害。从苗期到穗期均可发生，引起苗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，以穗腐危害最大。湿度大时，病部均可见粉红色霉层。小麦受害后千综合粒重降低，发芽率下降，发芽势减弱，出粉率低，面粉质量差，色泽灰暗，商品价值降低。病麦含有致呕毒素和类雌性激素述等毒素，人畜食后可引起急性中毒。病麦粒中含有脱氧雪腐镰刀菌烯醇、玉米赤霉烯酮等毒素，还会导致怀孕母畜中毒后流产。
赤霉病在小麦整个生育期都可发生，苗期危害可形成苗枯，成株期可形成茎基腐烂和枯穗，被害小穗发病初期可见水渍状病斑，随着病害的扩展，病斑失绿变为褐色，小麦颖壳的合缝处生出一层粉红色霉层，籽粒发病后会皱缩，表面不光泽，呈干瘪状，籽粒变为紫红色或者白色，发病重时籽粒表面也有粉红色霉层。