浸种消毒是预防水稻恶苗病最经济有效的方法。带菌种子和稻草是水稻恶苗病的初次侵染源，因此浸种时需防止病菌扩散并杀死病原菌。可使用的药剂包括恶霉灵、使百克、25%氰烯菌酯悬浮剂(劲护)及咪鲜胺等。近年来，机械化水平的提高导致高密度催芽，使得药剂浸种不彻底，增大了恶苗病的发生风险。同时，长期使用单一药剂导致病菌抗药性增强，降低了防治效果。
